Als "Pilotprojekt" hat sich der Emmerbach bewährt: 1986 hat die Stadt Münster erstmalig versucht, ein begradigtes Gewässer zu renaturieren. Eine Strecke von 500 Metern wurde westlich des Albersloher Weges umgestaltet. Das Ergebnis: Die Artenvielfalt und die Populationsdichte von Tieren und Pflanzen hatte bereits auf dieser kurzen Strecke erfreulich zugenommen.
Ein weiterer Abschnitt des Emmerbachs, der das Stadtgebiet südlich durchfließt und in die Werse mündet, wurde auf einer Strecke von rund zwei Kilometern in zwei Bauabschnitten naturnah umgestaltet. Der erste Bauabschnitt von der Straße "Zum Hiltruper See" bis hinter den "Adolf-Wentrup-Weg" wurde Anfang 1999 und der zweite Bauabschnitt, der sich 250 m weiter östlich anschließt und an der Grenze zum Kreis Warendorf endet, wurde im Sommer 2001 fertiggestellt. Für die naturnahe Umgestaltung des Emmerbachs wurde der Bach teilweise verbreitert, es wurden Flutmulden angelegt, vorhandene Altarme wieder angeschlossen und die Böschungen abgeflacht. Betonschwellen, die für Fische und Kleinstlebewesen ein Hindernis darstellten und nicht überwunden werden konnten, wurden beseitigt. Durch die Anpflanzung von einheimischen Gehölzen wie Stieleichen und Hainbuchen wurde ein Grundstock für die weitere Entwicklung der Flora und Fauna im Lebensraum Emmerbach gelegt. Die Gesamtkosten für die naturnahe Umgestaltung betrugen rund 1,1 Millionen Euro und wurden mit 80 % durch Zuwendungen vom Land NRW gefördert.