Wichtigstes Organ der Selbstverwaltung einer Gemeinde ist der Rat. Er wird jeweils für fünf Jahre direkt von den Bürgerinnen und Bürgern der Stadt gewählt. Die Bürgerschaft entscheidet bei der Wahl sowohl über die Kandidatinnen und Kandidaten als auch über die Parteien, die sie im Rat der Stadt vertreten sollen. Damit nehmen sie Einfluss auf die politischen Ziele und Vorstellungen, nach denen die Stadt gestaltet und verwaltet werden soll.
Nach dem Kommunalwahlgesetz des Landes Nordrhein-Westfalen hat der Rat in Städten mit 250.000 bis 400.000 Einwohnerinnen und Einwohnern 66 Sitze, also auch in Münster (ca. 280.000 Einwohner). 33 Ratsmitglieder werden direkt in den Wahlbezirken gewählt, die anderen 33 Sitze werden entsprechend der Wahlergebnisse in der gesamten Stadt über Listen der Parteien besetzt. So spiegelt sich im Rat das Verhältnis der Gesamtstimmenzahl für die jeweiligen Parteien in den Wahlbezirken wider. Wegen sogenannter Überhangmandate besteht Münsters Rat in dieser Wahlzeit aus 80 Ratsmitgliedern. Das 81. Mitglied des Rates ist nach der Gemeindeordnung der Oberbürgermeister.
Kurz nach Beginn der Wahlzeit muss der Rat zusammentreten, um beispielsweise die ehrenamtliche Stellvertretung des hauptamtlichen Oberbürgermeisters zu wählen. Darüber hinaus legt der Rat fest, welche Ausschüsse er einrichten will. Diese beraten Ratsentscheidungen vor und können bestimmte Dinge, die ihnen der Rat übertragen hat, selbst entscheiden. Der Rat kann jedoch die übertragene Entscheidungsbefugnis auch wieder an sich ziehen.
Die Ratsmitglieder organisieren sich in der Regel entsprechend ihrer Parteizugehörigkeit in Fraktionen. Sie wirken bei der Willensbildung und Entscheidungsfindung mit und haben Informations-, Initiativ- und Gestaltungsrechte. So können die Fraktionen vom Oberbürgermeister fordern, den Rat einzuberufen, einen Punkt in die Tagesordnung aufzunehmen oder eine Stellungnahme zu einem Tagesordnungspunkt abzugeben. Sie haben auch eine Kontrollfunktion z. B. über das Akteneinsichtsrecht.
Eine Fraktion besteht bei einer Stadt der Größenordnung Münsters aus mindestens drei Ratsmitgliedern, eine Gruppe aus mindestens zwei Ratsmitgliedern. Im Rat der Stadt Münster gibt es derzeit fünf Fraktionen, eine Gruppe und ein fraktionsloses Ratsmitglied.
CDU-Fraktion: 31 Sitze
SPD-Fraktion: 20 Sitze
Fraktion Bündnis 90/Die Grünen/GAL: 16 Sitze
FDP-Fraktion: 7 Sitze
Fraktion DIE LINKE: 3 Sitze
ÖDP: 1 Sitz
UWG: 1 Sitz
Piraten: 1 Sitz
ÖDP und UWG bilden eine Ratsgruppe
Mit der Kommunalwahl 1999 endete in Nordrhein-Westfalen die Ära der sogenannten Doppelspitze aus Oberbürgermeister und Oberstadtdirektor. Auch in Münster wählten die Bürgerinnen und Bürger am 12. September 1999 erstmals direkt eine/n hauptamtliche/n Oberbürgermeister/in. Die bisher getrennten Aufgabenbereiche sind nun in einer Person vereint: Der Oberbürgermeister ist Repräsentant der Stadt, Vorsitzender und Mitglied des Rates sowie Leiter der Verwaltung und damit Vorgesetzter aller dort Beschäftigten. Seine Amtszeit beträgt sechs Jahre.
Der Oberbürgermeister
Im Bereich der Verwaltungsleitung übernimmt der Stadtdirektor, ein vom Rat bestimmter Beigeordneter, die Vertretung des Oberbürgermeisters. In ihrem Arbeitsgebiet vertreten die Beigeordneten den Oberbürgermeister.